因所适用的货物种类不同，而有许多种类，其主要有以下几种：
①开(敞)顶集装箱(Open Top Container)。
这是一种没有箱顶或顶部敞开的集装箱，装卸货物时需使用起重机将重货从顶部装入箱内或卸出。将货物装入后，再用防水篷布遮盖顶部，以防货物受损。这种集装箱适于装载玻璃板、钢铁制品、胶合板、机械设备等超高货物，利用侧壁可以固定的重货，以及难以从箱门进行装卸而必须由箱顶进行装卸作业的货物。
②框(板)架集装箱(Flat Rack Container)。
这是一种没有箱顶和箱壁、箱端壁也可卸下，只留箱底和四角柱来承受货载的集装箱。如果将四角柱拆下，也可作平台集装箱使用。这种集装箱主要用于不适用于装入杂货集装箱或开顶集装箱内的长大件、超重件、轻泡货、重型机械、钢材、钢管、裸装设备等，会产生集中负荷的重货、超尺度货物、不怕风雨袭击的货物，需要从箱顶或箱侧面装载的货物，以及需要在箱内固定的货物。
③散装集装箱(Solid Bulk Container)。
这是用以装载大豆、大米、麦芽、面粉、饲料以及水泥、树脂、硼砂、化工原料等散装粉粒状货物的集装箱。使用这种集装箱可以节约数量可观的包装费用，并提高装卸效率。
对一些需要植物检疫的货物，比如对于进口粮食，有的需要在港外锚地进行熏蒸消毒。可以在散货集装箱上设置投入熏蒸药物的开口，以及熏蒸气体排出口，并且可要求这种集装箱在熏蒸时能保持完全气密。
④罐状集装箱(Tank Container；Liquid Bulk Container)。
这是一种适用于装载酒类、油类、化学品、危险品等液体货物的集装箱。这类集装箱具有适用于装载这类货物的特殊结构和设备。装货时，货物由罐顶部的装货孔进入；卸货时，货物由底部排出孔靠重力作用自行流出，或由顶部装货孑L吸出。
除了上述一些特种用途的集装箱外，还有一些适用于各类更专门的特种集装箱，如：运载汽车的汽车集装箱，专供运输活牲畜的动物集装箱等。
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