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由于芽孢杆菌是水产养殖中常用的益生菌，因此对于其在治理蓝藻水华方面的研究将有巨大的潜力。推测芽孢杆菌对藻细胞的作用类似水产xd环境毒理效应，从云南滇池分离出的蜡样芽胞杆菌感染水华束丝藻后其叶绿素a含量、藻蓝蛋白含量显著减少，光合活性也明显降低。关于芽孢杆菌抑藻方式，目前发现主要是通过直接接触藻细胞、分泌胞外活性物质、以及与藻类竞争资源达到抑藻效果。

引起鱼类中毒，水华蓝藻很多是产毒种，其中最常见、危害大的是蓝藻产生的微囊藻毒。根据有关微囊藻毒对鱼类产生毒害的文献报道，微囊藻毒可以使鱼类肾、鳃、血液循环系统、消化、免疫系统等受到伤害，并进一步导致鱼类产生一系列行为学改变，具体表现为过度通气、腹部缩紧、颜色变黑、集群活动减少、游动迟缓、常停留在靠近水面的地方。

其实水体本身所含的微生物有一个本底值，这些微生物是肉眼看不见的，而且90%多的也是无法人为培养的，能培养的好氧菌基本是106-108CFU/L，我们简单的乘以10倍表示水体总菌数，结果是107-109CFU/L。我们人为加入的芽孢杆菌仅为106CFU/L的水平，相对于水体微生物的本底值，其实水体本身好氧菌的耗氧量才是大头。