生物肥料（微生物肥料）的功效是一种综合作用，主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病（虫）有关。总体来说，生物肥料（微生物肥料）的作用为以下几点：
1、增进土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；解磷、解钾微生物肥料，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，改善作物的营养条件。
2、制造和协助农作物吸收营养根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长js，刺激和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。
3、增强植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会；抗病原微生物的作用，减轻作物的病害；微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4、减少化肥的使用量和提高作物品质使用微生物肥料后对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。在有些情况下，品质的改善比产量提高好处更大。
发展生物肥料的重要意义
1 改善作物品质、提高作物产量
徽生物肥料可将无机元素转化为有益植物生长的有机化合物，改善土壤氧化还原条件，减低氮素脱氧和氧化过程，从而降低硝酸盐含量。多项试验表明，施用生物菌肥，蔬菜硝酸盐含量减少25.44～4.3mg/L，平均降低19.09%；vc含量平均提高9.96mg/l009；糖分含量平均提高0.66mg/l崛。施生物菌肥的稻米蛋白质比对照组提高0.05%～0.65%。植物根际促生xj(PGPR)是徽生物肥料的生命力所在，其促进植物生长的机制是产生生长素、抑制病原菌、根际固氮和分解难溶性磷钾元素等。
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