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保护部对进出口环保用微生物菌剂环境安全实施监督管理。省、自治区、直辖市环境保护行政主管部门依照本办法对辖区内进出口环保用微生物菌剂环境安全实施监督管理。国家质量监督检验检疫总局统一管理全国进出口环保用微生物菌剂的卫生检疫监督管理工作；国家质量监督检验检疫总局设在各地的出入境检验检疫机构对辖区内进出口环保用微生物菌剂实施卫生检疫监督管理。

国家对进出口环保用微生物菌剂的环境安全管理，实行检测和环境安全评价制度。环保用微生物菌剂进出口经营者，应当是依法成立的从事生产或者使用微生物菌剂的企业事业法人，并具备微生物菌剂安全生产、使用、储藏、运输和应急处置的能力。进口环保用微生物菌剂，应当按照本办法的规定申请获得《微生物菌剂样品环境安全证明》，并凭该样品环境安全证明依法办理卫生检疫审批和现场查验。

就当下我国农业生产现状，微生物菌剂一类的微生物产品是有很大的市场的，毋庸置疑。然而目前市场上微生物菌剂板块尚缺乏龙头领导企业，也没有标杆性产品。市场发展缓慢，很多时候，微生物菌剂要不然是小企业在做，要不然就是大企业下的一个很小的产品分支，很少有大企业专注做微生物菌剂类的微生物产品。是利益导向么？微生物菌剂有很大的市场空间，利益更不用说。所以关注中国农业发展态势，尤其是农化产品使用的企业都知道，未来微生物菌剂产品市场必定会成为新的竞技场。